新型農村合作醫療保險參合農民可以到區級定點醫院、鄉鎮衛生院、村衛生所看門診，可以到鄉鎮衛生院、區級定點醫院、區屬以外醫院住院治療。

　　1、參合農民持證到本鄉鎮衛生院、村衛生所門診就診時，衛生院醫生、村衛生所鄉醫，經核證核人后，進行合理檢查、診斷，進行門診病人登記，開具處方并注明合作醫療證號(一式兩份，一份取藥，一份報銷)，到藥房劃價(標明藥品價格)，由醫生或鄉醫認真填寫合作醫療證和門診補償登記表(一式三份)，讓患者或家屬簽名，直接減免費用(超出家庭賬戶總額部分由患者自付)，最后取藥治療。衛生院、村衛生所有月底填寫好定點醫療機構門診補償匯總表和結算單后，將報銷聯處方按補償登記表編號順序裝訂成冊到鄉鎮農醫所申請報銷所墊資金。

　　2、參合農民持證到本鄉鎮以外的區內定點醫療機構門診就診時，定點醫院機構醫生核證核人后，進行合理檢查、診斷，進行門診病人登記，開具處方并注明合作醫療證號(一式兩份，一份取藥，一份報銷)，到藥房劃價(標明藥品價格)，患者交現金開具發票后取藥治療，然后由患者將報銷聯處方及醫藥發票到本鄉鎮農醫所申請報銷。

　　3、參合農民持證到鄉鎮衛生院住院就診時，醫生核證核人后，進行合理檢查、診斷，有入院指征者收入住院，醫生及時書寫完整病歷，進行住院病人登記，開具處方并注明合作醫療證號(一式兩份，一份取藥，一份報銷)，到藥房劃價，患者交現金后取藥治療。患者出院后，衛生院提供醫藥發票，出院小結(蓋醫院章)，各種檢查單，處方復寫件等由患者到本鄉鎮農醫申請報銷。

　　4、參合農民持證到區級定點醫院住院就診時，區級定點醫院醫師應仔細核對合作醫療證，做到人證相符，然后進行合理核查，經診斷有入院指征者收入住院，及時書寫完整病歷，進行住院病人登記，開具處方并注明合作醫療證號(一式兩份，一份取藥，一份報銷)，到藥房劃價(標明藥品價格)，患者交現金后取藥治療。患者出院后，醫院為患者提供醫藥發票，出院小結，各種檢查單復寫件，處方復寫件等，由患者到合作醫療直報窗口直接申請報銷。

　　5、參合農民因病情需要轉區屬以外的醫療機構住院治療的應堅持逐級轉診的原則，由區屬醫療機構轉診證明，經區農醫中心批準并發放就診告之書(急診可先轉診，但應在7天內向當地鄉鎮農醫所報告)。因探親、訪友、外出打工時患病住院者在入院后7天內向戶口所在鄉鎮農醫所報告。農醫所要及時答復，進行登記，并及時向區農醫中心報告。出院后必須帶好本人住院發票及住院相關資料，到本鄉鎮農醫所按規定補償。

　　醫療保險在報銷方式及程序上限于參保性質的不同，分為城鎮職工醫療保險、城鎮居民基本醫療保險及新型農村合作醫療保險三種類型，在持卡對醫療費用報銷前需要明確自己的參保性質，通過對應的方式和程序進行辦理。